Die Wurzeln der Zähne sind von feinen Kanälen durchzogen, die sich an der Wurzelspitze in zahlreiche noch weit feinere Kanälchen verzweigen. Hat sich, etwa als Folge einer schweren Karies, die Zahnwurzel entzündet, haben sich hier zahlreiche Bakterien eingenistet. Der Zahnarzt versucht die Zahnwurzel zunächst durch Erweitern und Reinigen der Wurzelkanäle und Füllen mit Bakterien tötenden Mitteln zu desinfizieren. Dann füllt er den gesamten Wurzelkanal mit einer speziellen Füllung und verschließt den Zahn.

Bleiben dabei aber Bakterienherde in der Wurzelspitze zurück und führen zu einer erneuten Entzündung, muss sie vollständig entfernt werden. Nötig ist diese Operation auch, wenn sich an der Wurzelspitze Geschwülste, etwa Zysten, gebildet haben, oder wenn die Wurzel gebrochen ist. Das machen allerdings nur besonders mit dieser Operation erfahrene Zahnärzte selbst, meist überweisen sie zu einem Oral- oder Kieferchirurgen.

Nach örtlicher Betäubung wird der Arzt die Mundschleimhaut seitlich der Wurzel aufschneiden und dann mit einem Spezialbohrer ein Loch in den Kieferknochen fräsen, bis er die Wurzel erreicht hat. Dann entfernt er die Wurzelspitze und das umliegende entzündete Gewebe, reinigt und desinfiziert die Wunde und füllt den verbleibenden Wurzelkanal von der Wurzel aus mit Füllmasse auf. Die Wunde wird dann vernäht, und im Laufe einiger Monate verheilt der Kieferknochen um die Wurzel herum.

Die Wurzelspitzenresektion schwächt einen Zahn, dennoch kann er so noch jahrelang seinen Dienst tun.